Informace o projektu
Strukturní charakterizace záchrany a recyklace ribozomu

Předčasné ukončení nebo zkrácení transkripce mRNA o plné délce může vést k mRNA, která postrádá stop kodon (non-stop ribozomy). Protože nemůže docházet k prodloužení nebo ukončení translace, ribozomy překládající zkrácenou mRNA jsou zachycovány na 3' konci mRNA. U bakterií jsou tyto non-stop ribozomy rozpoznány a recyklovány takzvanými ribozomálními záchrannými systémy. Nejlépe popsaným záchranným systémem v bakteriích je trans-translační systém, který obsahuje transfer-messenger RNA (tmRNA) a malý protein B (SmpB). U Escherichia coli je delece genu ssrA, kódujícího tmRNA neletální kvůli přítomnosti alternativního záchranného faktoru A (ArfA). Nicméně, delece obou genů ssrA a arfA je letální, což ilustruje fyziologický význam, který má záchrana non-stop ribozomů pro životaschopnost buněk.
Členové výzkumné skupiny partnera projektu Daniela Wilsona na University of Hamburk nedávno identifikovali kryo-EM struktury, které pomohli s lepším pochopením, jak ArfA přijímá kanonický terminátor RF2 k záchraně non-stop ribozomů. Dosud však chybí strukturální a mechanický pohled na to, jak ArfA původně rozpoznává non-stop ribozomy a jak se recyklují non-stop ribozomy po hydrolýze. Proto plánujeme provést komplexní strukturální výzkum těchto dvou procesů. Pro studium přechodných meziproduktů záchrany a recyklace ArfA a RF2 chceme použít inovativní time-resolved technologii vyvinutou výzkumnými pracovníky CEITEC-MU. Předpokládáme, že zde zahájený projekt prokáže úspěšnou spolupráci obou skupin a poskytne základnu pro žádost o obecnější spolupráci v budoucnu.