Informace o projektu
Studium molekulováho rozpoznávání a vývoj nových softwarových nástrojů pro identifikaci a design přístupových cest v proteinech
- Kód projektu
- GJ20-15915Y
- Období řešení
- 1/2020 - 12/2022
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Juniorské granty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
Projekt cílí na pochopení základních principů molekulového rozpoznávání, které je jedním ze základních kamenů biochemického výzkumu. Strukturní biologie sice poskytuje značné informace o funkci a interakci molekul v živých buňkách, ale není doposud známo, jak tisíce proteinů v databázích dokáží rozpoznávat své přislušné ligandy. Cílem tohoto projektu je tento proces objasnit na úrovni všech proteinů se známou terciární strukturou (celé PDB databáze). K dosažení tohoto cíle bude potřeba vyvinout nový heuristický algoritmus pro analýzu transportních cest ve flexibilních molekulách proteinů. Tyto algoritmy budou implementovány v nové verzi in house softwarového nástroje CaverDock. Výstupem tohoto projektu bude vylepšený software pro masivní analýzu transportních procesů v proteinech, webový nástroj zpřístupňující CaverDock širší odborné veřejnosti a pochopení základních principů uplatňujících se při rozpoznávání molekul uvnitř živých buněk.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 19
2024
-
Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes
Journal of Cheminformatics, rok: 2024, ročník: 16, vydání: 1, DOI
2023
-
Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning
ACS Catalysis, rok: 2023, ročník: 13, vydání: 19, DOI
-
pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support
Bioinformatics, rok: 2023, ročník: 39, vydání: 8, DOI
-
sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration
IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, rok: 2023, ročník: 29, vydání: 1, DOI
2022
-
A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br
ACS Catalysis, rok: 2022, ročník: 12, vydání: 11, DOI
-
Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases
BIOLOGY-BASEL, rok: 2022, ročník: 11, vydání: 3, DOI
-
Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies
Biotechnology Advances, rok: 2022, ročník: 60, vydání: November, DOI
-
Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web
Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2022, ročník: 20, vydání: November 2022, DOI
-
Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase
Stroke, rok: 2022, ročník: 53, vydání: 10, DOI
-
LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering
Nucleic acids research, rok: 2022, ročník: 50, vydání: W1, DOI