Předmětem návrhu je studium intramolekulární dynamiky 13C a 15N-obohacených oligonukleotidů pomocí NMR spektroskopie. Strukturní fluktuace nukleových kyselin je možno studovat prostřednictvím relaxace jader 15N, 13C a 31P. Hlavní problémy při studiu dynamiky plně izotopicky značených molekul jsou způsobeny vlivem interakce uhlík-uhlík na měřené relaxační parametry uhlíku a skutečností že hodnoty anizotropie chemického posunu (CSA) jader 13C a 15N v nukleových kyselinách nejsou známy. Budeme se zabývat optimalizací pulzních sekvencí pro měření relaxačních rychlostí jader 15N, 13C a 31P a nukleárního Overhauserova jevu (NOE). Pokusíme se eliminovat nebo alespoň omezit vliv interakce uhlík-uhlík na měřené hodnoty relaxačních parametrů uhlíku za pomoci moderních prostředků NMR jako jsou tvarované pulzy, selektivní dekaplink a gradienty magnetického pole. Vyvineme metody pro kvantitativní měření vlivu interference mezi dipolárním relaxačním mechanismem a CSA.

Publikace