TY-3 gypsy Copy Number is Correlated with Genome Size in Subtribe Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)

• Název česky: Počet kopií TY-3 gypsy koreluje s velikostí genomu u subtribu Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)
• Autoři: ŠMERDA Jakub; KRAK Karol; FEHRER Judith; BUREŠ Petr; ZEDEK František; ZAHRADNÍČEK Jaroslav; CHRTEK Jindřich
• Rok publikování: 2012
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Popis: Fylogenetické studie odhalily, že subtribus Hieraciinae sestává ze tří hlavních fylogenetických linií: (1) Pilosella / Hispidella, (2) Hieracium sl, a (3) Andryala. Tyto skupiny se od sebe liší v reprodukční strategii a frekvenci polyploidie. Cílem studie bylo (1) doplnit znalosti o velikosti genomu v rámci Hieraciinae a (2) prozkoumání jak evoluce velikosti genomu souvisí s četnosti gypsy-retrotranspozonů v subtribu. Genomové velikosti 14 druhů a poddruhů Andryala byly stanoveny pomocí průtokové cytometrie. Hustota gypsy-retrotransposonů byla stanovena pro genomy 23 diploidních taxonů se známou velikostí genomu, reprezentujících všechny tři hlavní vývojové linie Hieraciinae, a to pomocí (1) kvantitativní PCR a (2) Southern dot blot analýzy. Zásadní rozdíly ve velikosti genomu byly nalezena mezi třemi hlavními fylogenetickými liniemi Hieraciinae. V 1CX hodnotách se lišily 1,22-krát (3.51-4.34 pg) u Hieracium, 1,26-krát (1,72 až 2,16 pg) u Pilosella a 1,66-krát (1,54 - 2,56 pg) u Andryala. Pozitivní korelace mezi monoploidní velikostí genomu a hustotou gypsy-retrotransposonů byla nalezena v kompletním datovém souboru. Celkový genomický podíl repetitivní DNA zastoupené gypsy-retrotransposony se pohyboval od 11,4% v rodě Andryala až po 51,0% v rodě Hieracium s.str. Vývoj velikosti genomu v pokolení Hieraciinae je do značné míry spojen s proliferací gypsy-retrotransposonů.

Související projekty

• Fylogeneze subtribu Hieraciinae (Asteraceae) - modelový příklad kontrastních evolučních strategií v blízce příbuzných liniích