PredictSNP 1.0

• Autoři: BENDL Jaroslav; ŠTOURAČ Jan; SALANDA O.; PAVELKA Antonín; WIEBEN E.D.; ZENDULKA J.; BREZOVSKÝ Jan; DAMBORSKÝ Jiří
• Rok publikování: 2013
• Druh: Software
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• www: http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp/
• Popis: Tento nástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkci proteinů. Jeho predikce jsou založeny na kombinaci výsledků existujících metod (MAPP, PhD-SNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2, SIFT a SNAP), přičemž tyto metody v objektivních testech významně překonává. Metodika tvorby konsenzu je popsaná v článku: "Bendl et. al. (2014) PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology, 10". Uživatelské rozhraní bástroje ukazuje nejen výsledky integrovaných nástrojů a vyvinutého meta-klasifikátoru, ale také nalezené experimentální anotace těchto mutací z databází PMD a UniProt. Nástroj je zdarma dostupný akademické komunitě na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp.

Související projekty

• Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami