![Důležité termíny](https://cdn.muni.cz/media/3633704/image_2.jpg?mode=crop¢er=0.5,0.5&rnd=133572412150000000&heightratio=0.5&width=278)
Informace o publikaci
Analýza vazebných míst cukrů v proteinech
Autoři | |
---|---|
Rok publikování | 2014 |
Druh | Odborná kniha |
Citace | |
Popis | V dnešní době máme k dispozici výkonné metodiky strukturní analýzy, které nám poskytují velké množství informací o 3D strukturách proteinů. V práci se zabývám analýzou vazebných míst cukrů v proteinech. V rámci mé bakalářské práce jsem vypracoval software (funkce pro prostředí MATLAB) k výpočtu fingerprintů a matic podobnostních koeficientů. Vstupem je množina PDB souborů uložených v souboru ZIP. Analýzu vazebných míst cukrů v proteinech provádím na vzorku dat získaných z Protein Data Bank pomocí softwaru MotiveQuery. Dále pomocí softwaru SiteBinder provádím superpozici strukturních motivů. Tyto motivy následně třídím do skupin podle podobností. V celém vzorku dat se objevilo šest rozdílných větších skupin vazebných míst cukrů. Těchto šest sad pokrývá celkem 73,5 % všech analyzovaných dat. Tyto výsledky ukazují, že postup analýzy navržený a implementovaný v mé práci je úspěšný a mělo by proto smysl provést jeho plnou automatizaci. |