Informace o publikaci
Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2014 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Trifolium; clover; sequencing; NGS; SSR; PIC; diversity |
| Popis | Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučního byl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content). |
| Související projekty: |