Informace o publikaci
Využití panelu somatických genových mutací a amplifikací pro odhad prognózy pacientů s karcinomem žaludku
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2016 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Gastroenterologie a hepatologie |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Doi | http://dx.doi.org/10.14735/amgh2016244 |
| Obor | Onkologie a hematologie |
| Klíčová slova | gastric cancer; gene amplifications; point mutations; cluster analysis |
| Popis | I přesto, že se pětileté přežívání pacientů s karcinomem žaludku za posledních 20 let zlepšilo jen minimálně, existují specifické podskupiny pacientů, které přežívají výrazně déle. Významným tématem se tak stává hledání markerů na úrovni genových poruch umožňujících individualizovaný odhad prognózy pacientů. Cílem projektu bylo provést profilování somatických bodových mutací a genových amplifikací pro zmapování výskytu v české populaci a případně identifikace potenciálních prognostických markerů karcinomu žaludku. Materiál a metody: Soubor vyšetřených čítal 70 pacientů s histologicky potvrzeným karcinomem žaludku. Vzorky byly získány ve formě FFPE bločků z endoskopických tkáňových biopsií nebo resekátů u pacientů podstupujících operaci. Byla provedena vyšetření mutací genů KRAS, BRAF, PIK3CA, EGFR, CTNNB1, TP53 a APC a panelu amplifikací 29 genů zahrnujících nejčastější (proto)onkogeny a tumor supresorové geny procesu vzniku a progrese nádoru. Výsledky byly korelovány s klinickými daty vč. stadia, lokalizace a histopatologického podtypu karcinomu a přežití pacientů. Korelace amplifikací a mutací s přežitím byla analyzována Kaplan-Meierovou metodikou, relativní poměry rizik (HR – hazard ratio) byly analyzovány na základě vícerozměrného testu dle Coxova modelu proporcionálního rizika. Výsledky: Četnosti poruch byly nižší ve srovnání s celosvětovou populací. Shluková analýza identifikovala specifickou skupinu profilů se zhoršeným přežitím (HR = 7,36; 95% CI 1,34–40,4; p = 0,022). Při analýze amplifikací pro tuto skupinu, PDGFRB, ERBB2, RET, EGFR, CCND1 a CDKN1B (p27/Kip1), byl zjištěn zvýšený HR u pacientů s amplifikací u minimálně dvou genů (HR = 4,66; 95% CI 1,5–14,43; p = 0,008). Závěr: V této studii byla určena frekvence somatických mutací a genových amplifikací u českých pacientů s karcinomem žaludku. Dále byla identifikována skupina genových amplifikací, které by mohly sloužit k odhadu prognózy pacientů. Pro ověření výsledků bude nutno provést validaci na rozšířeném souboru pacientů, pravděpodobně kombinací typicky malých souborů vzorků z více pracovišť. V případě potvrzení by vyšetřování této skupiny markerů mohlo najít uplatnění při racionálním rozhodování o léčbě, a tím zajistit celkové zlepšení přežívání pacientů s karcinomem žaludku. |