Informace o publikaci
Vývoj a aplikace MOL-PCR pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2018 |
| Druh | Konferenční abstrakty |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Popis | Multiplexní oligonukleotidová ligační PCR (multiplex oligonucleotide ligation PCR assay = MOL-PCR) je jednou z metod využitelných pro detekci mikrobiálních patogenů. Umožňuje analýzu více typů markerů, jako jsou jedinečné sekvence, inzerce, delece nebo jednonukleotidové polymorfizmy (SNP) v jedné multiplexní reakci. Pro detekci specifické cílové sekvence je navrhován pár tzv. MOLigo sond. Každý pár MOLigo sond je specifický pro určitou cílovou sekvenci, ale všechny páry obsahují stejnou sekvenci pro nasedání univerzálních primerů. MOLigo sondy se připojují k cílové sekvenci a ligují během samostatného ligačního kroku, čímž vytvoří komplexní ssDNA, která slouží jako templát pro následnou amplifikaci za použití univerzálního páru primerů (jeden je fluorescenčně značený) během PCR. Jedna z MOLigo sond obsahuje i tzv. TAG, což je unikátní sekvence pomocí které PCR produkty hybridizují ke kuličce s kovalentně navázanou anti-TAG sekvencí. Každý set kuliček tak nese odlišnou anti-TAG sekvenci, komplementární k TAG sekvenci v MOLigo sondě a zároveň má odlišitelnou spektrální adresu danou kombinací červeného a infračerveného fluoroforu, kterými jsou polystyrenové kuličky naplněny. Celá reakce i následná analýza jednotlivých setů kuliček s navázaným PCR produktem probíhá v přístroji MAGPix napojeném na počítač. MOL-PCR byla optimalizována pro detekci původců bakteriálních infekcí z potravin, kterými jsou Listeria monocytogenes, Escherichia coli, Yersinia enterocolitica, Salmonella enterica subs. enterica a Staphylococcus aureus. Všestrannost MOL-PCR byla využita při jejich simultánní detekci. Tato práce vznikla v rámci projektu Bezpečnostního výzkumu Ministerstva vnitra ČR VI 20152020044. |