3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas

• Autoři: NOVOTNÁ Lucie; SLANINÁKOVÁ Terézia; PROCHÁZKA David; HEJTMÁNEK Lukáš; ROŠINEC Adrián; OĽHA Jaroslav; GREŠOVÁ Katarína; DOHNAL Vlastislav; ANTOL Matej
• Rok publikování: 2024
• Druh: Specializovaná databáze
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• Popis: The dataset contains proteins from AlphaFold DB v4 (https://alphafold.ebi.ac.uk/) encoded into one-dimensional vectors (embeddings). The embeddings encode proteins by their tertiary structure. Additional information is available at our GitHub (https://github.com/Coda-Research-Group/ProteinEmbeddingBenchmark).

Související projekty

• ELIXIR-CZ: Česká národní infrastruktura pro biologická data
• Naučené indexy pro podobností hledání
• Využití technik umělé inteligence pro zpracování dat, komplexní analýzy a vizualizaci rozsáhlých dat
• Nástroj na automatickou anotaci a prohledávání velkých sad proteinů na základě podobnosti jejich struktur