Informace o publikaci
Charakterizace variability genomu kmenů nového multirezistentního poddruhu <I>Staphylococcus hominis</I> subsp. <I>novobiosepticus</I> v České republice
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2001 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | V. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Popis | Staphylococcus hominis subsp. novobiosepticus (SHN) je nový nedávno popsaný koaguláza-negativní poddruh, který bývá izolován ze klinického materiálu humánního původu, především z hemokultur. Kmeny jsou silně virulentní a všechny vykazují multirezistenci k antibiotikům. SHN je důležitým nosokomiálním agens, zatím je však přehlížený, jak u nás, tak i v zahraničních mikrobiologických laboratořích. Cílem práce bylo stanovit genetickou variabilitu u 70 kmenů izolovaných v 13 laboratořích klinické mikrobiologie v České republice v letech 1996 - 2000. Identifikace kmenů byla provedena pomocí systémů STAPHYTest 16, API Staph a diskového testu na rezistenci k novobiocinu (disk 5 mg). Studované kmeny vykazovaly následující rezistence k antibiotikům stanovené diskovou metodou: oxacilin (98 % kmenů), erytromycin (91 %), klindamycin (95 %), ciprofloxacin (92 %), chloramfenikol (82 %), gentamicin (77 %), amoxicilin s klavulanovou kyselinou (77 %), tetracyklin (20 %), rifampicin (27 %), teikoplanin (3 %). Rezistence k oxacilinu byla potvrzena PCR-amplifikací mecA genu, při které byl získán pozitivní výsledek i u 2 citlivých kmenů. Při stanovení genetické variability kmenů pomocí analýzy plazmidových profilů, PCR-ribotypizace, makrorestrikční analýzy a AP-PCR bylo provedeno srovnání 70 studovaných kmenů SHN s 10 multirezistentními kmeny poddruhu S. hominis subsp. hominis. Při analýze obsahu plazmidů bylo odlišeno pouze 12 různých plazmidových profilů, z nichž dva byly společné oběma poddruhům. Výsledky amplifikace mezerníkových oblastí 16S-23S rDNA neumožnily odlišit kmeny SHN ani navzájem, ani od nominálního poddruhu, čož svědčí o blízké příbuznosti obou poddruhů. Při analýze pomocí AP-PCR byly použity primery RW3A, BG2, ERIC1, ERIC2 a IS256. Nejvyšší diskriminační schopnost měla amplifikace s primerem ERIC2, avšak výsledky AP-PCR neumožnily podobně jako PCR-ribotypizace odlišit navzájem kmeny obou poddruhů. Nejpřesnějších výsledků bylo dosaženo pomocí SmaI makrorestrikční analýzy provedené pulzní gelovou elektroforézou (PFGE), která umožnila jednoznačně odlišit kmeny SHN od druhého poddruhu S. hominis subsp. hominis na hladině podobnosti 25%. Podobnost makrorestrikčních spekter genomové DNA se u SHN pohybovala v rozmezí 35-100 %. U 70 studovaných kmenů bylo identifikováno 32 makrorestrikčních profilů, které je možno rozdělit na základě sestaveného dendrogramu do 14 klonálních typů. PFGE se proto jeví jako nejvhodnější metoda pro studium molekulární epidemiologie u SHN. |
| Související projekty: |