Informace o publikaci

The application of MALDI MS whole-cell profiles of the genus Pseudomonas

Název česky Aplikace MALDI MS celobuněčných profilů rodu Pseudomonas
Autoři

TESHIM Andrea TVRZOVÁ Ludmila ŠEDO Ondrej LEXA Matej SEDLÁČEK Ivo ZDRÁHAL Zbyněk ŠVEC Pavel

Rok publikování 2007
Druh Konferenční abstrakty
Fakulta / Pracoviště MU

Přírodovědecká fakulta

Citace
Popis Rod Pseudomonas je široce rozšířen v prostředí a bývá častým izolátem lidského a veterinárního klinického materiálu. Pseudomonády vykazují četné rezistence na antibiotika a chemické látky a jsou schopny tvořit biofilm s nebezpečím kolonizace sliznice a tkání. Jejich význam spočívá v potenciálu enzymatických drah a v působení v geochemických cyklech a při biodegradacích. Pseudomonas sendu stricto v současnosti zahrnuje více než 100 platně popsaných druhů. Identifikace je často komplikovaná vzhledem k heterogenitě a genetické variabilitě uvnitř rodu. Taxonomie pseudomonád prodělává velký vývoj. Hmotnostní spektrometrie s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice s měřením délky letu (Matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry)je analytická technika, která identifikuje protein/peptidové markery bakteriálního proteomu. Metoda byla úspěšně aplikovaná u příbuzných rodů a je schopna rozeznat příbuzné mikroorganismy, které jsou neodlišitelné genotypizačními metodami a biotypizací. Cílem naší studie bylo optimalizovat metodu analýzy a přípravy vzorku. Metodou byla získána reprodukovatelná spektra 90ti kmenů rodu Pseudomonas. Analýza dat zahrnovala identifikaci a kvantifikaci signálů, výpočet podobnosti mezi dvojicemi spekter, shlukovou analýzu a klasifikaci vzorku. Byly získány hmotnostní protein/peptidové profily umožňující rychlou a spolehlivou identifikaci druhů a typizaci kmenů.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info