Srovnání tří celogenomových sekvenačních metod při sekvenaci genomu Treponema pallidum subspecies pertenue Samoa D

• Autoři: ZOBANÍKOVÁ Marie; ŠMAJS David
• Rok publikování: 2008
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Popis: Treponema pallidum subsp. pertenue je původcem tropického kožního onemocnění yaws. Poddruh pertenue nelze morfologicky, serologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce venerického onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum). Metodou DNA fingerprintingu a microarray analýzou otevřených čtecích rámců byla ověřena i velká shoda na úrovni sekvence DNA. K určení podstaty rozdílů v klinické manifestaci obou onemocnění byla stanovena kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue.Sekvenace genomu Treponema pallidum subsp. pertenue Samoa D byla provedena metodou komparativní genomové sekvenace (CGS, NimbleGen), pyrosekvencováním (454 Life Sciences) a technologií firmy Solexa (Solexa). Princip detekce CGS se od pyrosekvencování a Solexy výrazně liší, protože metoda je založena na využití hybridizace na oligonukleotidovém čipu, zatímco Solexa a pyrosekvencování využívají detekci inkorporace nukleotidu při polymerázové reakci. Kombinací sekvencí všech tří metod a referenční dideoxynukleotidové metody byla získána kompletní nukleotidová sekvence T. pallidum subsp. pertenue Samoa D. Sekvence jednotlivých metod pak byly zpětně porovnány s dokončenou sekvencí. Vyhodnocení počtu chyb bylo provedeno jen v místech genomu, kde se sekvence všech metod překrývaly a mimo oblasti tpr genů. Pro zpracování sekvencí byl použit program Lasergene.

Související projekty

• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
• Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
• Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum