Geometrical and Electronic Structure Variability of the Sugar-phosphate Backbone in Nucleic Acids

• Název česky: Geometrická a elektronická strukturní variabilita cukr-fosfátové páteře v nukleových kyselinách.
• Autoři: SVOZIL Daniel; SPONER Judit; MARCHAN Ivan; PEREZ Alberto; CHEATHAM Thomas; FORTI Ferda; LUQUE Javier; OROZCO Modesto; SPONER Jiri
• Rok publikování: 2008
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Journal of Physical Chemistry B
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Obor: Biofyzika
• Klíčová slova: Molecular dynamics; force field; quantum chemistry; nucleic acids
• Popis: Kvantová chemie byla využita k popisu energetiky alfa/gama a k ohodnocení ambrovských silových polí parm99 a parmbsc0. Byly testovány dva modelové systémy: SPM sestávající se z cukru a methylové skupiny připojené přes fosfodiesterovou vazbu a SPSOM sestávající se z dvou deoxyribóz (bez bází) spojených přes fosfodiesterovou vazbu. Srovnání ab intio dat s potenciální energií silového pole parm99 jasně ukazuje, že parm99 nesprávně popisuje region kde gama torze je v trans konformaci.

Související projekty

• Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím