Molecular analysis of repetitive elements in giant genomes of Fritillaria ( liliaceae)

• Název česky: Molekulární analýza repetitivních elementů u obřích genomů rodu Fritillaria L. (Liliaceae)
• Autoři: AMBROŽOVÁ Kateřina; MACAS Jiří; LEITCH Ilia J.; LYSÁK Martin
• Rok publikování: 2008
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Popis: notace česky: Rod Fritillaria obsahuje druhy s největším doposud známým genomem a zároveň poskytuje obrovskou vnitrodruhovou variabilitu týkající se velikosti genomu (30,000-127,000 Mb/C) spolu s až překvapivou uniformitou karyotypu. Tento rod je znám bikontinentální distribucí (Eurasie, Severní Amerika) a obě větve ukazují nezávislou tendenci zvětšovat velikost genomu. Vytvořili jsme DNA genomické knihovny z každé skupiny od jednoho druhu s přibližně podobnou velikostí genomu (~45,000 Mb/C): Fritillaria imperialis (Eurasie) a F. affinis (Severní Amerika). Pro identifikaci klonů obsahujících repetitivní sekvence byly obě knihovny screenovány pomocí genomických DNA. Takto byly vybrány čtyři klony z každé knihovny pro sekvenaci. Dosud bylo charakterizováno téměř 130 kb repetitivních sekvencí. Předběžná data ukazují, že procentuální podíl různých tříd repetitivních elementů se mezi danými modelovými druhy významně neliší a zároveň byly jako dominantní elementy genomů modeových druhů rodu Fritillaria identifikovány retrotranspozony typu Ty3/gypsy. Další studie se budou zabývat charakterizací vybraných repetitivních elementů ve více druzích rodu Fritillaria a analýzou jejich vlivu na variabilitu velikosti genomu v rámci druhu.

Související projekty

• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
• Molekulární a cytogenetická analýza gigantických genomů rodu Fritillaria (Liliaceae)