Informace o publikaci

Využití DNA čipu pro stanovení genové exprese v diagnostice lymfomů

Autoři	JANÍKOVÁ Andrea TICHÝ Boris STAŇO KOZUBÍK Kateřina ŠUPÍKOVÁ Jana MAYER Jiří VÁŠOVÁ Ingrid KRÁL Zdeněk POSPÍŠILOVÁ Šárka
Rok publikování	2008
Druh	Článek ve sborníku
Konference	Transfuze a hematologie dnes 2008; 14: (Suppl 2) 11
Fakulta / Pracoviště MU	Lékařská fakulta
Citace
Popis	ÚVOD: Ne-Hodgkinské lymfomy (NHL) tvoří heterogenní skupinu onemocnění s odlišným biologickým chováním, prognózou a citlivostí k terapii. Vyšetření profilu genové exprese technologií DNA čipů má potenciál nahlédnout do jejich molekulární podstaty a tak optimalizovat diagnostiku i léčbu. Cílem práce bylo ověřit význam DNA čipů v diagnostice vybraných lymfoproliferací. METODY: Vzorky byly získány od pacientů s NHL v rámci diagnostických biopsií s okamžitým zamražením reprezentativní části po makroskopickém zhodnocení patologem. RNA extrahovaná ze vzorků byla lineárně amplifikována, fluorescenčně označena a hybridizována na speciální DNA čipy složené ze sond pro asi 3000 vybraných genů. VÝSLEDKY: Celkem bylo odebráno (od 01/06 do 03/08) 130 histologicky ověřených NHL. RNA byla izolována u 62 vybraných vzorků, přičemž kvalitní RNA byla získána jen v 40/62 (65%) případech. Profil genové exprese byl vyšetřen u 38 vzorků: 19 folikulárních lymfomů (FL), 2 transformovaných FL (tFL/DLBCL), 12 difuzních velkobuněčných B-lymfomů (DLBCL), 4 Burkittových lymfomů (BL)a 1 periferního T-lymfomu. Expresní profily FL se výrazně lišily od profilů DLBCL a BL (především v genech typicky exprimovaných T-lymfocyty a genech řízení buněčného cyklu). FL a tFL tvořily homogenní skupinu, která se odlišovala od profilů DLBCL. Profil BL je velmi dobře odlišitelný od DLBCL na základě exprese menšího počtu genů. ZÁVĚRY: DNA čipy mají potenciál poměrně spolehlivě rozlišit uvedené typy NHL a tím pomoci v diferenciální diagnostice. Charakteristickým rysem agresivních lymfomů byla nižší exprese T-lymfocytárních genů, což může být dáno nižším podílem T-lymfocytů. Pro použití DNA čipů je kritická kvalita vzorku (RNA), která negativně ovlivněna prodlevou mezi odběrem a zpracováním vzorku.