Computational Analysis of Large-Scale Multi-Affine ODE Models

• Název česky: Výpočetní analýza rozsáhlých multiafinních ODE modelů
• Autoři: BARNAT Jiří; BRIM Luboš; ČERNÁ Ivana; DRAŽAN Sven; FABRIKOVÁ Jana; ŠAFRÁNEK David
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: International Workshop on High Performance Computational Systems Biology
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• www: https://ieeexplore.ieee.org/document/5298697
• Obor: Informatika
• Klíčová slova: biological networks; parallel model checking; dynamics systems; rectangular abstraction
• Popis: Biologický systém je chápán v systémové biologii jako síť biochemických interakcí mezi jednotlivými substancemi. Složitost takovýchto sítí je enormní. Při analýze dynamických vlastností biologických systémů je nezbytné čelit stavové explozi. V tomto článku je představen prototyp nástroje pro analýzu diskrétních abstrakcí dynamiky biologických systémů. Asbtrakce je chápána ve smyslu obdélníkové asbtrakce fázového prostoru systému diferenciálních rovnic. V článku jsou představeny paralelní algoritmy pro průzkum stavového prostoru a heuristiky usnadňující použitelnost obdélníkové abstrakce pro analýzu biochemických modelů.

Související projekty

• Techniky automatické verifikace a validace softwarových a hardwarových systémů
• Institut Teoretické Informatiky
• Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
• Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware