![Důležité termíny](https://cdn.muni.cz/media/3633704/image_2.jpg?mode=crop¢er=0.5,0.5&rnd=133572412150000000&heightratio=0.5&width=278)
Informace o publikaci
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
Název česky | Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a iontové síly. |
---|---|
Autoři | |
Rok publikování | 2009 |
Druh | Článek v odborném periodiku |
Časopis / Zdroj | Physical Chemistry Chemical Physics |
Fakulta / Pracoviště MU | |
Citace | |
Obor | Biofyzika |
Klíčová slova | molecular dynamics methods; RNA; force field; A-form |
Popis | Provedli jsem extenzivní molekulově dynamickou studii třech A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy. |
Související projekty: |