Informace o publikaci
Dependence of A-RNA simulations on the choice of the force field and salt strength
| Název česky | Závislost simulací A-RNA na volbě silového pole a iontové síly. |
|---|---|
| Autoři | |
| Rok publikování | 2009 |
| Druh | Článek v odborném periodiku |
| Časopis / Zdroj | Physical Chemistry Chemical Physics |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Biofyzika |
| Klíčová slova | molecular dynamics methods; RNA; force field; A-form |
| Popis | Provedli jsem extenzivní molekulově dynamickou studii třech A-RNA duplexů. Testovali jsme závislost geometrie A-RNA na silovém poli (Parm99 a Parmbsc0) a na velikosti iontové síly. Silové pole parmbsc0 zabraňuje dočasným alfa/gama t/t přechodům, čímž zkompaktňuje A-RNA duplex ve srovnání se silovým polem parm99. Stabilizace A-RNA ve srovnání s parmbsc0 zahrnuje viditelnou redukci šířky velkého žlábku, zvýšení parametru roll, zvětšení helikální inklinace a malé zvýšení twistu. Silové pole parmbsc0 tak posouvá simulované duplexy více do A-formy. |
| Související projekty: |