Mapování sekvenčních rozdílů u rodu Treponema.

• Autoři: MIKALOVÁ Lenka; STROUHAL Michal; MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ Petra; ŠMAJS David; WEINSTOCK G.M.
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: XIII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů.
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Klíčová slova: Treponema pallidum; whole genome fingerprinting
• Popis: Genomy 6 různých treponemálních kmenů (Treponema pallidum subsp. pallidum kmeny DAL-1 a Mexico A, T. pallidum subsp. pertenue kmeny Gauthier a CDC-2, T. pallidum subsp. endemicum kmen Bosnia A a dosud taxonomicky nezařazený opičí izolát Fribourg-Blanc) byly porovnávány prostřednictvím techniky whole genome fingerprinting (WGF). Restrikční mapování sloužilo k vyhledání sekvenčních změn. Tyto změny byly sekvencovány Sangerovou metodou. U všech studovaných kmenů byly nalezeny 2 oblasti s repetitivní sekvencí (TP0433-434 a TP0470), přičemž počet repetic byl specifický pro každý treponemální kmen. Byly zjištěny 4 specifické indely společné pouze pro kmeny způsobující yaws a pro opičí izolát Fribourg Blanc. Existují také unikátní sekvenční změny např. v podobě inzerce 58 bp v genu TP0136 u kmene DAL-1, delece 48 bp (TP0548) a inzerce 0,5 kb (TP0695-697) u kmene Fribourg Blanc. Byla zjištěna vysoká příbuznost treponemálních genomů. Většina změn zasahovala do tpr genů a jejich těsné blízkosti.

Související projekty

• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
• Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
• Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum