High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker

• Autoři: BARNAT Jiří; BRIM Luboš; ŠAFRÁNEK David
• Rok publikování: 2010
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Briefings in Bioinformatics
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky

www

• Abstract
• PDF reprint
• DOI

• Obor: Informatika
• Klíčová slova: molecular interaction networks; mathematical modeling and computer simulation; kinetic models; discrete abstraction; high-performance computing; model checking
• Popis: Článek představuje paralelní distribuovaný model checker DiVinE ve vazbě na aplikaci v systémové biologii. Prostřednictvím metody model checking lze analyzovat dynamiku modelů biochemických reakcí. Článek shrnuje výsledky dosažené v oblasti škálovatelnosti algoritmu model checkingu pro lineární temprální logiku na paralelních architekturách. Představeny jsou výsledky aplikace na konkrétní problémy v systémové biologii.

Související projekty

• Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy
• Verifikace a analýza velmi velkých počítačových systémů
• Automatizovaná formální verifikace s využitím soudobého hardware