Constructing Phylogenetic Trees Based on Intra-Group Analysis of Human Mitochondrial DNA

• Název česky: Konstrukce fylogenetických stromů založená na vnitroskupinové analýze lidské mitochondriální DNA
• Autoři: VOGEL Ivan; ZEDEK František; OČENÁŠEK Pavel
• Rok publikování: 2011
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: Lecture Notes in Computer Science
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Doi: http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-21793-7_20
• Obor: Informatika
• Klíčová slova: Intra-group; mtDNA; neighbor joining; Phylogenetic trees; population divergence; position-specific clustering vector; substitution model
• Popis: This paper describes a modified algorithm for inferring phylogenetic trees based on distance techniques. The input of the algorithm consists of predefined clusters of data. It uses a usual agglomerative approach, however it involves a novel technique for distance matrix creation as the task of clustering predefined groups of human mitochondrial DNA sequences should be fulfilled.

Související projekty

• Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase
• Centrum pro výzkum biodiverzity
• Evoluce karyotypu a velikosti genomu v čeledi Cyperaceae