Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels

• Název česky: Počítání a vizualizace povrchu proteinů a jejich tunelů
• Autoři: KOZLÍKOVÁ Barbora; ALEKSANDROWICZ Igor; SOCHOR Jiří
• Rok publikování: 2011
• Druh: Článek ve sborníku
• Konference: The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• Obor: Informatika
• Klíčová slova: surface; protein; channel; visualization
• Popis: V tomto článku představujeme náš přístup k výpočtu povrchu molekul. Výzkumníci se tímto složitým problémem zabývají již mnoho let a během této doby bylo navrženo mnoho možných řešení. Náš algoritmus vychází z obecně známého přístupu zvaného redukované povrchy, avšak naše řešení zavádí četná vylepšení a zjednodušení, zejména ve fázích, kdy je třeba řešit problémy vznikající při generování redukovaných povrchů. Vše je navrženo s ohledem na skutečnost, že nově implementovaný algoritmus by měl sloužit nejen na zobrazení molekulárních povrchů, ale rovněž pro generování povrchu takzvaných tunelů, což jsou specifické struktury nacházející se uvnitř proteinů. Výsledný algoritmus se rovněž stal součástí komplexní aplikace CAVER Viewer, která byla navržena zejména pro možnost detekce, vizualizace a následného prozkoumání spočtených tunelů.

Související projekty

• Centrum biokatalýzy a biotransformací
• Analýza a vizualizace proteinových struktur
• Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity