Metodologie stanovení variability alel MHC genů u ryb čeledi Cyprinidae

• Autoři: CIVÁŇOVÁ Kristína; VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ Andrea; HEJLOVÁ Kristýna; MARTIN Jean-Francois
• Rok publikování: 2011
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Přírodovědecká fakulta
• Popis: K analýze variability exprimovaných genů DAB1 a DAB3 u kaprovitých ryb jsme použili 2 metody. První metoda zahrnuje SSCP analýzu, klonování PCR amplikonů, a automatické sekvenování. Jako druhou jsme optimalizovali přípravu vzorků pro „klonální“ sekvenování druhé generace (NGS – next generation sequencing) s využitím technologie 454 pyrosekvenování. V příspěvku srovnáváme klady a zápory námi používaných metod testování.

Související projekty

• Diverzita biotických společenstev: kauzální analýza variability v prostoru a čase
• Úloha imunitní investice v kontextu kompromisů: imunoekologické studium vztahů mezi reprodukcí, imunitou a parazitizmem u sladkovodních ryb
• Hostitelsko-parazitické interakce v hybridních systémech kaprovitých ryb