Project information
Zavedení progresivních vysokorozlišovacích a cílených proteomických přístupů do výuky studentů biochemie

Proteomika je nový vědní směr, který se zabývá identifikací a kvantifikací proteinů v různých biologických systémech a studiem jejich biologických funkcí. Předkládaný projekt pokrývá jednak oblast vysokorozlišovací necílené proteomiky zaměřené na co nejvyšší počet proteinů sledovaných v souvislosti se studovaným biologickým dějem, jednak oblast cílené proteomiky, zaměřené na studium biologické úlohy konkrétního proteinu. Pro necílenou proteomickou analýzu se uplatňují vysokorozlišovací metody využívající chromatografickou separaci peptidů on-line spojenou s hmotnostní spektrometrií (LC-MS), jíž obvykle předchází frakcionace peptidů na odlišném separačním principu. Cílem projektu je zavést tři vybrané frakcionační přístupy a rozšířit tak počet sledovaných proteinů v rámci konkrétních biologických projektů řešených na pracovišti. Jednou z aplikací cílené proteomiky je studium protein-proteinových interakcí vybraného proteinu. Zavedení metod metabolického značení proteinů pomocí aminokyselin se stabilními isotopy (SILAC) umožňuje překonat problém s falešně pozitivními identifikacemi protein-proteinových interakcí. Cílem této části projektu je zavést tyto progresivní techniky na pracovišti. Zpřístupnění zavedených metodik studentům v rámci diplomových, bakalářských a disertačních prací a demonstračních úloh ve vyučovaných předmětech umožní zkvalinit jejich vzdělávání v oblasti nejmodernějších biochemických přístupů.