Project information
Podjednotky urcující DNA specificitu bakteriální RNA polymerázy s flexibilními doménami: funkce a dynamika
- Project Identification
- GA13-16842S
- Project Period
- 2/2013 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
- Cooperating Organization
-
Institute of Microbiology of the ASCR, v. v. i.
- Responsible person Mgr. Libor Krásný, PhD.
V G+ bakteriích jsou delta a sigma podjednotky RNA polymerázy (RNAP) zásadními determinanty její specifity pro promotorovou DNA. Podjednotky delta i vegetativní sigmaA (SigA) obsahují domény, které se pohybují vuci zbytku molekuly. V soucasnosti jsme vyrešili 3D strukturu delty z Bacillus subtilis a identifikovali dve domény v tomto proteinu. Popsali jsme vliv delty na transkripci z vybraných promotoru a identifikovali jsme približnou polohu delty na RNAP, kde se váže v blízkosti SigA. Navrhujeme urcit vliv delty na celogenomové úrovni, urcit funkci jednotlivých domén delty a vytvorit strukturní model delty a SigA v komplexu s RNAP, který popíše i dynamiku jejich flexibilních cástí a charakterizuje jejich vzájemné interakce. Tyto experimenty nám umožní vytvorit komplexní model bunecné role proteinu delta. Výsledky projektu významne posunou naše porozumení transkripcní mašinerii z G+ bakterií, které zahrnují radu medicinálne a prumyslove významných druhu.
Publications
Total number of publications: 6
2017
-
Computational characterization of hybrid proteins containing ordered and intrinsically disordered regions
Year: 2017, type: Conference abstract
-
Solution structure of domain 1.1 of the sigma(A) factor from Bacillus subtilis is preformed for binding to the RNA polymerase core
Journal of Biological Chemistry, year: 2017, volume: 292, edition: 28, DOI
-
Triple resonance NMR relaxation experiments for studies of intrinsically disordered proteins
Journal of Biomolecular NMR, year: 2017, volume: 69, edition: 3, DOI
2014
-
Spectral density mapping protocols for analysis of molecular motions in disordered proteins
Journal of Biomolecular NMR, year: 2014, volume: 58, edition: 3, DOI
-
X-ray vs. NMR structure of N-terminal domain of delta-subunit of RNA polymerase
Journal of Structural Biology, year: 2014, volume: 187, edition: 2, DOI
2013
-
Structural Study of the Partially Disordered Full-Length delta Subunit of RNA Polymerase from Bacillus subtilis
ChemBioChem, year: 2013, volume: 14, edition: 14, DOI