Project information
Towards the physical basis of lone-pair-pi interactions. Do lone-pair-pi interactions stabilize the structure of the Engrailed homeodomain?
(Lone-pair-pi interactions)
- Project Identification
- GA14-14654S
- Project Period
- 1/2014 - 12/2016
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Science
jsou zvláštní interakce stabilizující některé konformace nukleových kyselin (Z-DNA) a proteinů (homeodomény). Jejich fyzikální podstata není
zcela objasněna. Nedávno publikované výsledky naznačují, že interakce lone-pair-pi jsou komplikovanou funkcí vzájemné orientace obou
partnerů a že je současná silová pole nepopisují správně. Krystalové struktury poukazují na pravděpodobný význam interakcí lone-pair-pi při
specifické vazbě homeodomény Engrailed na sekvenci DNA. V tomto projektu budeme jednak teoreticky analyzovat fyzikální podstatu těchto
interakcí, jednak experimentálně prověříme jejich význam při vazbě homeodomény Engrailed na příslušnou sekvenci DNA.
Publications
Total number of publications: 8
2018
-
Protein environment affects the water-tryptophan binding mode. MD, QM/MM, and NMR studies of engrailed homeodomain mutants
Physical Chemistry Chemical Physics, year: 2018, volume: 20, edition: 18, DOI
-
Water-tryptophan interactions: lone-pair-pi or O-H-pi? Molecular dynamics simulations of beta-galactosidase suggest that both modes can co-exist
Chemistry - A European Journal, year: 2018, volume: 24, edition: 22, DOI
2017
-
Anion-pi interactions in flavoproteins involve a substantial charge-transfer component
Chemistry - A European Journal, year: 2017, volume: 23, edition: 14, DOI
-
Lone pair–pi interactions in biological systems: occurrence, function, and physical origin
European Biophysics Journal With Biophysics Letters, year: 2017, volume: 46, edition: 8, DOI
2016
-
Lone-pair–pi interactions: analysis of the physical origin and biolological implications
Physical Chemistry Chemical Physics, year: 2016, volume: 18, edition: 28, DOI
2015
-
Asymmetric Bifurcated Halogen Bonds
Physical Chemistry Chemical Physics, year: 2015, volume: 17, edition: 9, DOI
-
MX2...YX2 bonding: A case study
Year: 2015, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
On the Non-Classical Contribution in Lone-Pair-pi Interaction: IQA perspective
Physical Chemistry Chemical Physics, year: 2015, volume: 17, edition: 39, DOI