Project information
Evoluce genomu a časoprostorová diversita v tribu Arabideae
- Project Identification
- GA15-18545S
- Project Period
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
Tribus Arabideae s více než 487 druhy je největším tribem čeledi Brassicaceae; mnohé druhy rodu Arabis a Draba jsou široce rozšířené a některé jsou pěstovány jako okrasné rostliny. Diversifikace do několika linií s rozdílnou fylogeografickou minulostí činí z tribu Arabideae skvělý systém pro analýzu evoluce genomu rostlin. V navrhovaném projektu budeme rekonstruovat evoluci genomu metodami srovnávací cytogenomiky a epigenetiky, a také pomocí sekvenování nové generace. U zástupců hlavních fylogenetických linií etablujeme strukturu současných i ancestrálních genomů a porovnáme je s diversitou DNA repetic. Zjištěné vzprce genomové organizace a variabilita analyzovaných repetic budou porovnány s několika intrinsickými a extrinsickými faktory. Rozsah a rychlost genomových změn bude konfrontována s fylogenetickým postavením, způsobem reprodukce (samo- vs. cizosprašnost), žvotní formou (jednoletky vs. trvalky), nadmořskou výškou (nižinné vs. horské druhy) a geografickým původem. Poprvé budou získány údaje o mechanismu a dynamice chromosomové reorganizace pro celý tribus cévnatých rostlin.
Publications
Total number of publications: 3
2021
-
The genome of Draba nivalis shows signatures of adaptation to the extreme environmental stresses of the Arctic
Molecular Ecology Resources, year: 2021, volume: 21, edition: 3, DOI
2020
-
Genome Evolution in Arabideae Was Marked by Frequent Centromere Repositioning
The Plant Cell, year: 2020, volume: 32, edition: 3, DOI
-
Genomic Blocks in Aethionema arabicum Support Arabideae as Next Diverging Clade in Brassicaceae
Frontiers in Plant Science, year: 2020, volume: 11, edition: JUN, DOI