Informace o projektu
Evoluce genomu a časoprostorová diversita v tribu Arabideae
- Kód projektu
- GA15-18545S
- Období řešení
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
Tribus Arabideae s více než 487 druhy je největším tribem čeledi Brassicaceae; mnohé druhy rodu Arabis a Draba jsou široce rozšířené a některé jsou pěstovány jako okrasné rostliny. Diversifikace do několika linií s rozdílnou fylogeografickou minulostí činí z tribu Arabideae skvělý systém pro analýzu evoluce genomu rostlin. V navrhovaném projektu budeme rekonstruovat evoluci genomu metodami srovnávací cytogenomiky a epigenetiky, a také pomocí sekvenování nové generace. U zástupců hlavních fylogenetických linií etablujeme strukturu současných i ancestrálních genomů a porovnáme je s diversitou DNA repetic. Zjištěné vzprce genomové organizace a variabilita analyzovaných repetic budou porovnány s několika intrinsickými a extrinsickými faktory. Rozsah a rychlost genomových změn bude konfrontována s fylogenetickým postavením, způsobem reprodukce (samo- vs. cizosprašnost), žvotní formou (jednoletky vs. trvalky), nadmořskou výškou (nižinné vs. horské druhy) a geografickým původem. Poprvé budou získány údaje o mechanismu a dynamice chromosomové reorganizace pro celý tribus cévnatých rostlin.
Publikace
Počet publikací: 3
2021
-
The genome of Draba nivalis shows signatures of adaptation to the extreme environmental stresses of the Arctic
Molecular Ecology Resources, rok: 2021, ročník: 21, vydání: 3, DOI
2020
-
Genome Evolution in Arabideae Was Marked by Frequent Centromere Repositioning
The Plant Cell, rok: 2020, ročník: 32, vydání: 3, DOI
-
Genomic Blocks in Aethionema arabicum Support Arabideae as Next Diverging Clade in Brassicaceae
Frontiers in Plant Science, rok: 2020, ročník: 11, vydání: JUN, DOI