Project information
Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
- Project Identification
- GA15-11089S
- Project Period
- 1/2015 - 12/2017
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Současné problémy mezioborové disciplíny výpočetní systémové biologie vyžadují nasazení pokročilých nástrojů informatiky, zejména formálních metod. Tento fakt je motivován potřebou výpočetní analýzy těžko predikovatelných emergentních chování komplexních biologických systémů. Odhad kinetických konstant a jiných parametrů modelu tvoří nedílnou součást typického výzkumu v systémové biologii. Přímé měření parametrů pomocí tzv. mokrých experimentů je často obtížné nebo dokonce i nemožné. Navrhovaný projekt si klade za cíl vyvinout zcela nové automatizované techniky pro odhadování parametrů, které jsou založeny na vyladění modelu pro zadanou hypotézu formulovanou v temporální logice. Navrhovaný přístup staví na využití metody ověřování modelů, která je využivána pro formální verifikaci počítačových systémů. Velký důraz bude kladen i na dosažení škálovatelnosti pomocí paralelních algoritmů.
Publications
Total number of publications: 35
2017
-
Discrete Bifurcation Analysis with Pithya
15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB), year: 2017
-
Extended Dependency Graphs and Efficient Distributed Fixed-Point Computation
Petri Nets 2017, year: 2017
-
Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
Year: 2017, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Parallel Algorithm for Terminal Components Detection in Parametrised Transition Systems
Year: 2017, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study
Year: 2017, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems
Computer Aided Verification. CAV 2017, year: 2017
-
PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models
Year: 2017, type: Appeared in Conference without Proceedings
-
Precise parameter synthesis for stochastic biochemical systems
Acta informatica, year: 2017, volume: 54, edition: 6, DOI
2016
-
A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
Formal Methods. FM 2016, year: 2016
-
E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016., year: 2016