Project information
Chromatin environment induced by genotoxic agents
- Project Identification
- GJ19-11880Y (kod CEP: GJ19-11880Y)
- Project Period
- 1/2019 - 12/2022
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Junior projects
- MU Faculty or unit
- Central European Institute of Technology
Poškození DNA indukuje reorganizaci chromatinu nezbytnou k navedení poškozených do těsné blízkosti opravných proteinových komplexů, nutných pro efektivní opravu poškozené DNA. V rostlinách není zcela známo, jakými změnami na úrovni pozice nukleosomů, výměny histonových variant nebo skladby histonových modifikací, okolí poškozené DNA během opravy prochází. V tomto projektu budeme detailně studovat změny chromatinu způsobené inhibitorem topoizomerázy I camptothecinem (CPT) a určíme, jak se mění umístění a složení nukleosomů, které oblasti genomu jsou CPT přednostně ovlivněny a zda určitá specifická dráha zprostředkovává odpověď na poškození DNA touto látku. V projektu budeme využívat rosrtlinných linií mutantních defektních v genech pro správné sestavování chromatinu, které vykazují odolnost vůči CPT a tak poslouží jako unikátní experimentální systém. Vzhledem k tomu, že CPT se používá k léčbě rakoviny a výsledek tohoto projektu přinese hlubší znalosti o buněčné odpovědi na stimulaci CPT, výsledky mohou být potenciálně využity také v klinickém výzkumu.
Publications
Total number of publications: 7
2023
-
Visualization of the Nucleolus Using 5′ Ethynyl Uridine
Methods in Molecular Biology, volume 2672, year: 2023, number of pages: 15 s.
2022
-
Laser microirradiation as a versatile system for probing protein recruitment and protein-protein interactions at DNA lesions in plants
New Phytologist, year: 2022, volume: 234, edition: 5, DOI
2021
-
Disruption of NAP1 genes in Arabidopsis thaliana suppresses the fas1 mutant phenotype, enhances genome stability and changes chromatin compaction
The Plant Journal, year: 2021, volume: 106, edition: 1, DOI
-
G2/M-checkpoint activation in fasciata1 rescues an aberrant S-phase checkpoint but causes genome instability
Plant Physiology, year: 2021, volume: 186, edition: 4, DOI
-
Nucleolar rDNA folds into condensed foci with a specific combination of epigenetic marks
Plant Journal, year: 2021, volume: 105, edition: 6, DOI
-
Super-resolution microscopy of chromatin fibers and quantitative DNA methylation analysis of DNA fiber preparations
Journal of Cell Science, year: 2021, volume: 134, edition: 15, DOI
2020
-
Large tandem duplications affect gene expression, 3D organization, and plant-pathogen response
Genome research, year: 2020, volume: 30, edition: 11, DOI