Project information
Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
- Project Identification
- GA21-20374S
- Project Period
- 1/2021 - 7/2025
- Investor / Pogramme / Project type
-
Czech Science Foundation
- Standard Projects
- MU Faculty or unit
- Faculty of Informatics
Segmentace a sledování živých buněk v obrazech z mikroskopu patří do bio-obrazové
informatiky. Buňky mohou mít velmi složité nekonvexní tvary (např. s různými výběžky
vycházejícími z buněčné membrány), které je obtížné segmentovat obvzlášť v hustých
buněčných populacích. V reálných obrazech se může současně vyskytovat mnoho různých
tvarů buněk a v dvoudimenzionálních obrazech se mohou dokonce překrývat. Problém
segmentace instancí, tj. úloha nalezení jednotlivých objektů v obraze, je v moderních metodách
hlubokého učení typicky definována jako klasifikační problém na úrovni pixelů. To je však pro
komplikované a potenciálně překrývající se tvary velmi omezující. Smyslem tohoto projektu je
nalézt nové metodologie, algoritmy a reprezentace pro lepší segmentaci a sledování buněk se
složitými tvary. Naše výsledky pomohou nejen analyzovat mikroskopické obrazy živých buněk s vyšší přesností a mírou detailu, ale povedou k novým výsledkům v oblasti segmentace obrazu,
sledování objektů a reprezentace tvaru.
Sustainable Development Goals
Masaryk University is committed to the UN Sustainable Development Goals, which aim to improve the conditions and quality of life on our planet by 2030.
Publications
Total number of publications: 5
2024
-
Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
Athens, Greece, IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging, year: 2024
-
Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data
24 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), year: 2024
2023
-
Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy
IEEE Transactions on Medical Imaging, year: 2023, volume: 42, edition: 1, DOI
-
The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking
Nature Methods, year: 2023, volume: 20, edition: 7, DOI
2021
-
Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, year: 2021