Informace o projektu
Segmentace a sledování buněk se složitým tvarem
- Kód projektu
- GA21-20374S
- Období řešení
- 1/2021 - 7/2025
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
Segmentace a sledování živých buněk v obrazech z mikroskopu patří do bio-obrazové
informatiky. Buňky mohou mít velmi složité nekonvexní tvary (např. s různými výběžky
vycházejícími z buněčné membrány), které je obtížné segmentovat obvzlášť v hustých
buněčných populacích. V reálných obrazech se může současně vyskytovat mnoho různých
tvarů buněk a v dvoudimenzionálních obrazech se mohou dokonce překrývat. Problém
segmentace instancí, tj. úloha nalezení jednotlivých objektů v obraze, je v moderních metodách
hlubokého učení typicky definována jako klasifikační problém na úrovni pixelů. To je však pro
komplikované a potenciálně překrývající se tvary velmi omezující. Smyslem tohoto projektu je
nalézt nové metodologie, algoritmy a reprezentace pro lepší segmentaci a sledování buněk se
složitými tvary. Naše výsledky pomohou nejen analyzovat mikroskopické obrazy živých buněk s vyšší přesností a mírou detailu, ale povedou k novým výsledkům v oblasti segmentace obrazu,
sledování objektů a reprezentace tvaru.
Cíle udržitelného rozvoje
Masarykova univerzita se hlásí k cílům udržitelného rozvoje OSN, jejichž záměrem je do roku 2030 zlepšit podmínky a kvalitu života na naší planetě.
Publikace
Počet publikací: 5
2024
-
Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
Athens, Greece, IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2024
-
Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data
24 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI), rok: 2024
2023
-
Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy
IEEE Transactions on Medical Imaging, rok: 2023, ročník: 42, vydání: 1, DOI
-
The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking
Nature Methods, rok: 2023, ročník: 20, vydání: 7, DOI
2021
-
Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, rok: 2021