Project information
High-throughput sequencing as a tool for studying paleoparasitological finds and its use for comparing parasitic infections in rural and early urban populations (Paleoparazitologie)

Parazitární infekce jsou s lidskou populací spjaty po celou dobu evoluce. Proto je jejich studium významné pro pochopení naší historie a vývoje lidských infekcí. Tradičně používané mikroskopické metody pro identifikaci parazitů v archeologických materiálech jsou značně limitované, neboť se potýkají s nízkou mírou záchytnosti parazitů, a navíc není možné určit většinu parazitárních stádií na úroveň druhu a velice často ani rodu. Proto se čím dál častěji přistupuje k metodám založených na studiu parazitární DNA. Při studiu parazitární aDNA je nejčastěji používána metoda polymerázové řetězové reakce (PCR) s následným Sangerovým sekvenování, které ovšem umožňuje čtení pouze jedné předem amplifikované sekvence. Parazité ale utváří společenstva a v jednom hostiteli může koexistovat několik rodů parazitů. V posledních letech se pro detekci aDNA stále více používá sekvenování nové generace, které umožňuje paralelní sekvenování velkého množství fragmentů DNA. Cílem práce bude zoptimalizovat velkokapacitní sekvenování za použití nespecifických primerů (NEM18SF a NEM18SR) pro amplifikaci aDNA helmintů, osekvenovat komunity gastrointestinálních parazitů, následně bioinformaticky zpracovat získaná data a popsat diverzitu těchto komunit. Metoda bude aplikována na hrobové vzorky populace z pohřebiště na Vídeňské ulici v Brně a hrobové nálezy z lokalit pocházejících ze stejného historického období (11. století), ale nápadně se lišících velikostí populace a frekvencí pohybu obyvatel (například naleziště Olšany u Prostějova). Dle archeologického posouzení byla lokalita z ulice Vídeňské situována na křižovatce mezi Prahou a Vídní a můžeme zde předpokládat vysoký pohyb obyvatel, zatímco u ostatních nalezišť s vesnickým charakterem nikoliv. Vzorky hrobového sedimentu populace z ulice Vídeňské byly předem mikroskopicky vyšetřeny a pomocí PCR s následným Sangerovým sekvenováním byla potvrzena pozitivita některých vzorků na přítomnost tenkohlavce lidského (Trichuris trichiura) v rámci bakalářské práce žadatelky projektu. Studie přispěje k rozšíření poznatků a k posunu rozvoje diagnostických metod v oblasti paleoparazitologických výzkumů. Práce rovněž přispěje k porozumění parazitární infekcí slovanských obyvatel mladší doby hradištní, a to jak v malých vesnicích populacích, tak u téměř raně městské populace, což napomůže pochopení vývoje parazitárních infekcí v čase.