Celogenomová sekvence T. pallidum subsp. endemicum kmene Bosnia A

• Title in English: Whole genom sequence of T. pallidum subsp. endemicum strain Bosnia A
• Authors: ŠTAUDOVÁ Barbora; STROUHAL Michal; ZOBANÍKOVÁ Marie; PĚTROŠOVÁ Helena; ŠMAJS David
• Year of publication: 2012
• Type: Conference abstract
• Description: Treponema pallidum je gramnegativní bakterie patřící do čeledi Spirochetaceae. Jednotlivé poddruhy způsobují onemocnění člověka, které se liší invazivitou, způsobem přenosu a patogenezí. T. pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis. Přenáší se pohlavním stykem, je vysoce invazivní a postihuje většinu tkání organismu. T. pallidum subsp. pertenue (způsobující onemocnění yaws) a subsp. endemicum (původce endemické syfilis) se přenáší kontaktem postižené pokožky a vyznačuje se střední invazivitou. Tyto bakterie nelze kultivovat in vitro. Jednotlivé poddruhy od sebe nelze odlišit morfologicky ani sérologicky a jsou sekvenčně téměř shodné (~99%). Přesto zde existují genetické rozdíly, které se podílejí na míře invazivity a patogenity. Sekvenace genomu jednotlivých poddruhů a analýz genetických rozdílů by mohla v budoucnu napomoci ke snadnější identifikaci těchto bakterií. Cílem studie je zjistit celogenomovou sekvenci kmene Bosnia A (subsp. endemicum). Celý genom Bosnia A byl rozdělen do tzv. TP-intervalů, které se vzájemně překrývají a pokrývají celý genom. TP intervaly byly amplifikovány pomocí specifických primerů, které byly navrženy pro kmen Nichols (subsp. pallidum). Z důvodu sekvenční příbuznosti některých částí genomu (paralogní úseky) byly PCR produkty rozděleny do 4 genomových podoblastí (problematické části genomu tak byly od sebe separovány) a sekvencovány pomocí sekvenačních technik nové generace (pyrosekvenace, Illumina a SOLiD). Výstupní data sekvenace byla přiřazena k sekvenci kmene Samoa D (subsp. pertenue). Neshody mezi sekvenačnimi technikami a nedostatečné pokrytí některých oblastí byly dokončeny Sangerovou metodou. Velikost genomu Bosnia A je celkem 1,14 Mbp s průměrným obsahem GC bází 53,2 %. Genom byl sestaven z celkem 214 TP intervalů o velikosti 801 – 12529 bp. Dva úseky se nepodařilo amplifikovat (TPI-25B a TPI-79). Tyto oblasti byly uzavřeny ve spolupráci s S.Lukehart et al. (University of Washington, Seattle, USA). Sekvenací bylo získáno 45 kontigů metodou Solexa, 4 metodou SOLiD a 119 metodou 454, které byly přiřazeny k referenční sekvenci (Samoa D). Celkem bylo nalezeno 15 neshod mezi sekvenačními metodami a 5 mezer (o velikosti 1,4 kbp). Tyto oblasti byly resekvenovány stejně jako některé problematické oblasti genomu (např. geny tprK, arp, oblast TPI11A). Kmen Bosnia A byl sekvencovaný třemi sekvenačními technikami nové generace a byl porovnán s kompletními nukleotidovými sekvencemi některých dalších treponemálních kmenů.