prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D.

2025

• Automated Engineering Protein Dynamics via Loop Grafting: Improving <i>Renilla</i> Luciferase Catalysis

  PLANAS IGLESIAS Joan MAJEROVÁ Marika PLUSKAL Daniel VAŠINA Michal DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk MAREK Martin BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2025, ročník: 15, vydání: 4, DOI

• Biochemical and Computational Characterization of Haloalkane Dehalogenase Variants Designed by Generative AI: Accelerating the SN2 Step

  GELFAND Natalia OREL Vojtěch CUI Wenqiang DAMBORSKÝ Jiří LI Chenglong PROKOP Zbyněk XIE Wen Jun WARSHEL Arieh

  Článek v odborném periodiku

  Journal of the American Chemical Society, rok: 2025, ročník: 147, vydání: 3, DOI

• Engineering Dehalogenase Enzymes Using Variational Autoencoder-Generated Latent Spaces and Microfluidics

  KOHOUT Pavel VAŠINA Michal MAJEROVÁ Marika NOVÁKOVÁ Veronika DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David MAREK Martin PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav

  Článek v odborném periodiku

  JACS AU, rok: 2025, ročník: 5, vydání: 2, DOI

2024

• A closed 3D printed microfluidic device for automated growth and differentiation of cerebral organoids from single-cell suspension

  KANDRA Mário VÁŇOVÁ Tereza JONGEN Vincent Alexander POSPÍŠIL Jakub NOVAK Josef CHOCHOLA Václav BURYSKA Tomas PROKOP Zbyněk HODNY Zdenek HAMPL Aleš BOHAČIAKOVÁ Dáša JAROŠ Josef

  Článek v odborném periodiku

  Biotechnology Journal, rok: 2024, ročník: 19, vydání: 8, DOI

• Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family

  SLÁNSKÁ Michaela ŠTACKOVÁ Lenka MARQUES Sérgio Manuel ŠTACKO Peter MARTÍNEK Marek JÍLEK Luboš TOUL Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David KLÁN Petr PROKOP Zbyněk

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2024, ročník: 14, vydání: 15, DOI

• Bacterial Lactonases ZenA with Noncanonical Structural Features Hydrolyze the Mycotoxin Zearalenone

  FRUHAUF Sebastian PUHRINGER Dominic THAMHESL Michaela FAJTL Patricia KUNZ-VEKIRU Elisavet HOBARTNER-GUSSL Andreas SCHATZMAYR Gerd ADAM Gerhard DAMBORSKÝ Jiří DJINOVIC-CARUGO Kristina PROKOP Zbyněk MOLL Wulf-Dieter

  Článek v odborném periodiku

  ACS Catalysis, rok: 2024, ročník: 14, vydání: 5, DOI

• Calfitter 2.0

  KUNKA Antonín LACKO Dávid DVORSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav

  Software

  Rok: 2024

• CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules

  MARQUES Sérgio Manuel KOUBA Petr LEGRAND Anthony Thomas P SEDLAR Jiri DISSON Lucas PLANAS IGLESIAS Joan SANUSI Zainab Kemi KUNKA Antonín DAMBORSKÝ Jiří PAJDLA Tomas PROKOP Zbyněk MAZURENKO Stanislav SIVIC Josef BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  JACS AU, rok: 2024, ročník: 4, vydání: 6, DOI

• Fotoaktivovatelný substrát na bázi azobenzenu pro halogenalkandehalogenázy

  SLÁNSKÁ Michaela ŠTACKOVÁ Lenka MARQUES Sérgio Manuel ŠTACKO P. MARTÍNEK Marek JÍLEK Luboš TOUL Martin DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David KLÁN Petr PROKOP Zbyněk

  Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek)

  Rok: 2024

• Mechanism of BCDX2-mediated RAD51 nucleation on short ssDNA stretches and fork DNA

  AKITA Masaki GIRVAN Paul ŠPÍREK Mário NOVÁČEK Jiří RUEDA David PROKOP Zbyněk KREJČÍ Lumír

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2024, ročník: 52, vydání: 19, DOI