doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.

2012

• On Approximative Reachability Analysis of Biochemical Dynamical Systems

  BRIM Luboš FABRIKOVÁ Jana DRAŽAN Sven ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Transactions on Computational Systems Biology XIV, rok: 2012

• On Expressing and Monitoring Oscillatory Dynamics

  DLUHOŠ Petr BRIM Luboš ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science, rok: 2012, ročník: 2012, vydání: 92, DOI

• On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking

  BARNAT Jiří BRIM Luboš KREJČÍ Adam STRECK Adam ŠAFRÁNEK David VEJNÁR Martin VEJPUSTEK Tomáš

  Článek v odborném periodiku

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, rok: 2012, ročník: 9, vydání: 3, DOI

• Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks

  KLARNER Hannes STRECK Adam ŠAFRÁNEK David KOLČÁK Juraj SIEBERT Heike

  Článek ve sborníku

  Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings, rok: 2012

2011

• Abstraction of Biochemical Reaction Systems on Polytopes

  COLLINS Pieter HABETS Luc VAN SCHUPPEN Jan ČERNÁ Ivana FABRIKOVÁ Jana ŠAFRÁNEK David

  Článek ve sborníku

  Proceedings of the 18th IFAC World Congress, rok: 2011

• E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes

  ŠAFRÁNEK David ČERVENÝ Jan KLEMENT Matej POSPÍŠILOVÁ Jana BRIM Luboš LAZÁR Dušan NEDBAL Ladislav

  Článek v odborném periodiku

  BioSystems, rok: 2011, ročník: 103, vydání: 2, DOI

• Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation

  BRIM Luboš FABRIKOVÁ Jana DRAŽAN Sven ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science, rok: 2011, ročník: Neuveden, vydání: 67, DOI

2010

• E-photosynthesis: web software for modeling and analysis of biological processes behind photosynthesis

  KLEMENT Matej ŠAFRÁNEK David ČERVENÝ Jan BRIM Luboš NEDBAL Ladislav

  Software

  Rok: 2010

• High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker

  BARNAT Jiří BRIM Luboš ŠAFRÁNEK David

  Článek v odborném periodiku

  Briefings in Bioinformatics, rok: 2010, ročník: 11, vydání: 3

• Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology

  BARNAT Jiří BRIM Luboš ŠAFRÁNEK David VEJNÁR Martin

  Článek ve sborníku

  Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology, rok: 2010