RNDr. Miroslav Krepl, Ph.D.

2014

• Molecular Dynamics Simulations of Nucleic Acids. From Tetranucleotides to the Ribosome

  ŠPONER Jiří BANÁŠ Pavel JUREČKA Petr ZGARBOVÁ Marie KÜHROVÁ Petra HAVRILA Marek KREPL Miroslav STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal

  Článek v odborném periodiku

  The Journal of Physical Chemistry Letters, rok: 2014, ročník: 5, vydání: 10, DOI

2013

• Benchmark quantum-chemical calculations on a complete set of rotameric families of the DNA sugar-phosphate backbone and their comparison with modern density functional theory

  MLÁDEK Arnošt KREPL Miroslav SVOZIL Daniel CECH Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ZGARBOVA Marie JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Physical Chemistry Chemical Physics, rok: 2013, ročník: 15, vydání: 19, DOI

• Bioinformatics and Molecular Dynamics Simulation Study of L1 Stalk Non-Canonical rRNA Elements: Kink-turns, Loops, and Tetraloops

  KREPL Miroslav RÉBLOVÁ Kamila KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 18, DOI

• Effect of Guanine to Inosine Substitution on Stability of Canonical DNA and RNA Duplexes: Molecular Dynamics Thermodynamics Integration Study

  KREPL Miroslav OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B, rok: 2013, ročník: 117, vydání: 6, DOI

• Structural dynamics of possible late-stage intermediates in folding of quadruplex DNA studied by molecular simulations

  STADLBAUER Petr KREPL Miroslav CHEATHAM Thomas E. KOČA Jaroslav ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic Acids Research, rok: 2013, ročník: 41, vydání: 14, DOI

• Study of protein/RNA systems utilizing NMR structural data

  KREPL Miroslav HAVRILA Marek

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2013, druh: Konferenční abstrakty

2012

• Reference Simulations of Noncanonical Nucleic Acids with Different chi Variants of the AMBER Force Field: Quadruplex DNA, Quadruplex RNA, and Z-DNA

  KREPL Miroslav ZGARBOVA Marie STADLBAUER Petr OTYEPKA Michal BANÁŠ Pavel KOČA Jaroslav CHEATHAM Thomas E. JURECKA Petr ŠPONER Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Chemical Theory and Computation, rok: 2012, ročník: 8, vydání: 7, DOI

2011

• Molecular dynamics of ribosomal L1 stalk

  KREPL Miroslav RÉBLOVÁ Kamila ŠPONER Jiří

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2011, druh: Konferenční abstrakty