doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.

2022

• On bias, variance, overfitting, gold standard and consensus in single-particle analysis by cryo-electron microscopy

  SORZANO Carlos JIMÉNEZ-MORENO Amaya MALUENDA David MARTÍNEZ Marta RAMÍREZ-APORTELA Erney KRIEGER James MELERO Roberto CUERVO Ana CONESA Javier FILIPOVIČ Jiří CONESA Pablo CANO Laura del FONSECA Yunior LA MORENA Jorge Jiménez-de LOSANA Patricia SÁNCHEZ-GARCÍA Ruben STŘELÁK David FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ Estrella DE ISIDRO-GÓMEZ Federico HERREROS David VILAS Jose Luis MARABINI Roberto CARAZO Jose Maria

  Článek v odborném periodiku

  Acta Crystallographica Section D: Structural Biology, rok: 2022, ročník: 78, vydání: 4, DOI

• Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs

  FILIPOVIČ Jiří HOZZOVÁ Jana NEZARAT Amin OĽHA Jaroslav PETROVIČ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Parallel and Distributed Computing, rok: 2022, ročník: 160, vydání: February, DOI

2021

• 4D-GRAPHS

  BRÁZDIL Tomáš PORTEŠ David FILIPOVIČ Jiří HOZZOVÁ Jana EVANGELIDIS Thomas TRIPSIANES Konstantinos

  Software

  Rok: 2021

• Advances in Xmipp for Cryo–Electron Microscopy: From Xmipp to Scipion

  STŘELÁK David JIMÉNEZ-MORENO Amaya VILAS José RAMÍREZ-APORTELA Erney SÁNCHEZ-GARCÍA Ruben MALUENDA David VARGAS Javier HERREROS David FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ Estrella DE ISIDRO-GÓMEZ Federico HORÁČEK Jan MYŠKA David HORÁČEK Martin CONESA Pablo FONSECA-REYNA Yunior JIMÉNEZ Jorge MARTÍNEZ Marta HARASTANI Mohamad JONIĆ Slavica FILIPOVIČ Jiří MARABINI Roberto CARAZO José SORZANO Carlos

  Článek v odborném periodiku

  Molecules, rok: 2021, ročník: 26, vydání: 20, DOI

• Approximating deformation fields for the analysis of continuous heterogeneity of biological macromolecules by 3D Zernike polynomials

  HERREROS David LEDERMAN Roy R KRIEGER James JIMENEZ-MORENO Amaya MARTINEZ Marta MYŠKA David STŘELÁK David FILIPOVIČ Jiří BAHAR Ivet CARAZO Jose Maria SANCHEZ Carlos Oscar S

  Článek v odborném periodiku

  International Union of Crystallography Journals, rok: 2021, ročník: 8, vydání: 6, DOI

• Computational enzyme design for metabolic engineering

  DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David PROKOP Zbyněk MAREK Martin MAZURENKO Stanislav ŠTOURAČ Jan MARQUES Sérgio Manuel FONSECA PINTO Gabriela Filipa PLANAS IGLESIAS Joan MUSIL Miloš HON Jiří VÁVRA Ondřej KHAN Rayyan Tariq FILIPOVIČ Jiří KOZLÍKOVÁ Barbora

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2021, druh: Konferenční abstrakty

• DeepAlign, a 3D Alignment Method based on Regionalized Deep Learning for Cryo-EM

  JIMÉNEZ-MORENO Amaya STŘELÁK David FILIPOVIČ Jiří CARAZO José María SORZANO Carlos Óscar S.

  Článek v odborném periodiku

  Journal of Structural Biology, rok: 2021, ročník: 213, vydání: 2, DOI

• Image Processing in Cryo-Electron Microscopy of Single Particles: The Power of Combining Methods

  S. SORZANO Carlos Oscar JIMÉNEZ-MORENO Amaya MALUENDA David RAMÍREZ-APORTELA Erney MARTÍNEZ Marta CUERVO Ana MELERO Roberto CONESA Jose Javier SÁNCHEZ-GARCÍA Ruben STŘELÁK David FILIPOVIČ Jiří FERNÁNDEZ-GIMÉNEZ Estrella DE ISIDRO-GÓMEZ Federico HERREROS David CONESA Pablo DEL CANO Laura FONSECA Yunior JIMÉNEZ DE LA MORENA Jorge MACÍAS Jose Ramon LOSANA Patricia MARABINI Roberto CARAZO Jose-Maria

  Kapitola v knize

  Structural Proteomics, rok: 2021, počet stran: 33 s.

• Kernel Tuning Toolkit 2.0

  PETROVIČ Filip FILIPOVIČ Jiří STŘELÁK David HOZZOVÁ Jana TREMBECKÝ Richard

  Software

  Rok: 2021

• Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning

  RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar VÁVRA Ondřej MARQUES Sérgio Manuel FILIPOVIČ Jiří BEDNÁŘ David DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Computational and Structural Biotechnology Journal, rok: 2021, ročník: 19, vydání: May, DOI