doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D.

2021

• Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures

  HOZZOVÁ Jana FILIPOVIČ Jiří NEZARAT Amin OĽHA Jaroslav PETROVIČ Filip

  Článek v odborném periodiku

  Data in Brief, rok: 2021, ročník: 39, vydání: December, DOI

• Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock

  HOZZOVÁ Jana VÁVRA Ondřej BEDNÁŘ David FILIPOVIČ Jiří

  Kapitola v knize

  Protein-Ligand Interactions and Drug Design, rok: 2021, počet stran: 20 s.

2020

• A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit

  PETROVIČ Filip STŘELÁK David HOZZOVÁ Jana OĽHA Jaroslav TREMBECKÝ Richard BENKNER Siegfried FILIPOVIČ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Future Generation Computer Systems, rok: 2020, ročník: 108, vydání: July, DOI

• CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport

  FILIPOVIČ Jiří VÁVRA Ondřej PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, rok: 2020, ročník: 17, vydání: 5, DOI

• Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps

  OĽHA Jaroslav HOZZOVÁ Jana FOUSEK Jan FILIPOVIČ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE, rok: 2020, ročník: 32, vydání: 21, DOI

• FlexAlign: An Accurate and Fast Algorithm for Movie Alignment in Cryo-Electron Microscopy

  STŘELÁK David FILIPOVIČ Jiří JIMÉNEZ-MORENO Amaya CARAZO Jose María SÁNCHEZ SORZANO Carlos Óscar

  Článek v odborném periodiku

  Electronics, rok: 2020, ročník: 9, vydání: 6, DOI

2019

• A GPU acceleration of 3-D Fourier reconstruction in cryo-EM

  STŘELÁK David SORZANO Carlos Óscar S. CARAZO José María FILIPOVIČ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  The International Journal of High Performance Computing Applications, rok: 2019, ročník: 33, vydání: 5, DOI

• Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

  ŠTOURAČ Jan VÁVRA Ondřej KOKKONEN Piia Pauliina FILIPOVIČ Jiří RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO José Gaspar BREZOVSKÝ Jan DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Článek v odborném periodiku

  Nucleic acids research, rok: 2019, ročník: 47, vydání: W1, DOI

• Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport

  ŠTOURAČ Jan VAVRA O. KOKKONEN Piia Pauliina FILIPOVIČ Jiří FONSECA PINTO Gabriela Filipa SCHENKMAYEROVÁ Andrea DAMBORSKÝ Jiří BEDNÁŘ David

  Konferenční abstrakty

  Rok: 2019, druh: Konferenční abstrakty

• CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels

  VÁVRA Ondřej FILIPOVIČ Jiří PLHÁK Jan BEDNÁŘ David MARQUES Sérgio Manuel BREZOVSKÝ Jan ŠTOURAČ Jan MATYSKA Luděk DAMBORSKÝ Jiří

  Článek v odborném periodiku

  Bioinformatics, rok: 2019, ročník: 35, vydání: 23, DOI