Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2008
-
Processing of a Large Number of FISH and Immunofluorescence Stained Cells on Confocal Spinning Disk Systems
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Simulation of fluorescence image formation in 3D image cytometry
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
-
Simulation of fluorescence image formation in 3D light microscopy
Rok: 2008, druh: Konferenční abstrakty
2007
-
3D AcquiGen 0.1
Rok: 2007
-
3D CytoGen 0.1
Rok: 2007
-
3D OptiGen 0.1
Rok: 2007
-
A Comparison of Fast Level Set-Like Algorithms for Image Segmentation in Fluorescence Microscopy
3rd International Symposium on Visual Computing, rok: 2007
-
Acquiarium 1.0
Rok: 2007
-
Automation of biomedical image acquisition and analysis in optical microscopy
Rok: 2007, druh: Vyžádané přednášky
-
Expression Profiling of CD34+ of Peripheral Blood of Patients with Lymphoma During ex vivo Granulocytic Differentiation
Rok: 2007, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)