Informace o projektu
Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
(Biomarker)
- Kód projektu
- 2B06052
- Období řešení
- 7/2006 - 6/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR
- Zdravý a kvalitní život
- Fakulta / Pracoviště MU
- Fakulta informatiky
- Klíčová slova
- zpracování obrazu; optická mikroskopie; buněčné jádro; prostorové uspořádání; exprese genů; mikročipy; nádorová onemocnění; diagnostické markery
- Spolupracující organizace
-
Vysoké učení technické v Brně
- Odpovědná osoba doc. RNDr. Pavel Smrž, Ph.D.
- Odpovědná osoba Ing. Miloslav Richter, Ph.D.
Předmětem výzkumu budou nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s genomickými a proteomickými technikami značení a sledování vybraných součástí buňky pomohou při vytipování markerů, screeningu a časné diagnostice nádorových onemocnění. U těchto postupů zpracování obrazových dat se zaměříme nejen na kvalitu a robustnost, ale také na rychlost a na možnost vysokého stupně automatizace. Budou zkoumány možnosti zvýšení rychlosti bez snížení kvality mimo jiné pomocí hardwarové akcelerace vybraných metod zpracování obrazu pomocí speciálních počítačových karet. Zrychlení a automatizace anlýzy obrazů buněk a jejich součástí jsou nutnými předpoklady pro zvýšení množství zpracovaných buněk či pacientů a tím i počtu studií, statistické významnosti výsledků a pro umožnění zkoumání i řídkých jevů. Projekt bude realizován v úzké spolupráci mezi molekulárními biology a informatiky.
Výsledky
Cílem projektu je vyvinout nové postupy zpracování obrazových dat z fluorescenční mikroskopie a microarrays, které v kombinaci s výzkumem genomických a proteomických technik pomohou s vytipováním markerů, screeningu a diagnostice nádorových onemocnění.
Publikace
Počet publikací: 121
2009
-
Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling
Neoplasma, rok: 2009, ročník: 2/2009, vydání: 56
-
CytoPacq
Rok: 2009
-
CytoPacq – On-line Framework for Simulating Fluorescence Microscopy Images
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Free tools for automated cell image acquisition and analysis
Rok: 2009, druh: Vyžádané přednášky
-
Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry
Cytometry Part A, rok: 2009, ročník: 75A, vydání: 6, DOI
-
Information Content Analysis in Automated Microscopy Imaging using an Adaptive Autofocus Algorithm for Multimodal Functions
Journal of Microscopy, rok: 2009, ročník: 236, vydání: 3, DOI
-
Insulin Decreases Transcription of Three Proteins Associated with Lung Surfactant
Rok: 2009, druh: Prezentace v oblasti VaV (AV tvorba, WEB aplikace apod.)
-
MEK inhibition enhances BMS-214662-induced apoptosis in primitive CD34+ CML stem/progenitor cells.
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Microarray analysis using limited amount of cells
Folia Biologica (Praha), rok: 2009, ročník: 2009, vydání: 55
-
Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
Journal of Biomedical Science, rok: 2009, ročník: 16, vydání: 59