Informace o projektu
Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA
- Kód projektu
- GA204/08/1212
- Období řešení
- 1/2008 - 12/2010
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Grantová agentura ČR
- Standardní projekty
- Fakulta / Pracoviště MU
- Přírodovědecká fakulta
- Klíčová slova
- x
Buňky si kontrolují kvalitu biogeneze RNA v jádře pomocí specializovaných molekulárních strojů. Tyto stroje rozeznávají a degradují zbytky RNA které jsou bočním produktem při zpracování RNA. Tyto stroje ale také degradují špatně zpracované a vadné RNA molekuly. Tyto mechanismy buňce zajištují, že pouze vysoce kvalitní RNA je využita k syntéze proteinů a v ostatních buněčných procesech. Jeden z mechanismů kontroly kvality RNA využívá exosom a Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylační (TRAMP) komplex. Komplex zvanýTRAMP stimuluje aktivitu exosomu a rozeznává jeho substráty RNA. Budeme studovat jak komplex TRAMP identifikuje poškozenou RNA což je první a nezbytný krok k její degradaci. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii k řešení 3D struktur několika komplexů mezi RNA a proteiny které se účastní mechanismu kontroly kvality RNA. Získané strukturní a funkční informace o studovaných systémech pomohou rozluštit kód kterým buňky rozpoznávají a následně zničí poškozenou RNA.
Publikace
Počet publikací: 10
2011
-
1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2011, ročník: 5, vydání: 2, DOI
-
Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein
The Journal of Biological Chemistry, rok: 2011, ročník: 286, vydání: 5, DOI
2010
-
(1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3.
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 4, vydání: 1, DOI
-
1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 5, vydání: 1, DOI
-
The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove
CELL, rok: 2010, ročník: 143, vydání: 2
2009
-
Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Structure and RNA binding of Nab3
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty