Informace o projektu
Strukturní podstata mechanismu ukončení transkripce nepolyadenylovaných transkriptů
- Kód projektu
- IAA401630903
- Období řešení
- 1/2009 - 12/2011
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Akademie věd ČR
- Granty výrazně badatelského charakteru zaměřené na oblast výzkumu rozvíjeného v současné době zejména AV ČR
- Fakulta / Pracoviště MU
- Středoevropský technologický institut
RNA polymerázy produkují RNA transkripty pomocí iniciace a terminace transkripce které se odvíjejí od specifických sekvencí. Signály které řídí ukončení transkripce leží buď přímo v sekvenci DNA templátu, nebo v sekvenci vznikající RNA. RNA polymeráza II přepisuje nejen mRNA ale také malé jaderné či malé jadérkové RNA, mezigenové a "anti-sense" RNA. Ukončení těchto transkriptů vyžaduje komplex Nrd1 který rozeznává specifický sekvenční signál ve vznikajícím RNA transkriptu pomocí zatím neznámého mechanismu. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii ke studiu strukturní podstaty rozpoznávání RNA komplexem Nrd1. Tento projekt také odhalí důležitost vzdálenosti a orientace terminačních elementů v RNA transkriptu, které vedou k účinné terminaci transkripce nezaložené na polyadenylačním signálu.
Publikace
Počet publikací: 10
2011
-
1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2011, ročník: 5, vydání: 2, DOI
-
Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein
The Journal of Biological Chemistry, rok: 2011, ročník: 286, vydání: 5, DOI
2010
-
(1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3.
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 4, vydání: 1, DOI
-
1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9
Biomolecular NMR Assignments, rok: 2010, ročník: 5, vydání: 1, DOI
-
The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive
Rok: 2010, druh: Konferenční abstrakty
-
The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove
CELL, rok: 2010, ročník: 143, vydání: 2
2009
-
Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Structure and RNA binding of Nab3
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty
-
Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
Rok: 2009, druh: Konferenční abstrakty