Genomová hybridizace kmenů T. pallidum Nichols a SS14 na oligonukleotidovém čipu

• Autoři: MATĚJKOVÁ Petra; ŠMAJS David
• Rok publikování: 2005
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Popis: Spirocheta Treponema pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis, vysoce invazivního onemocnění postihujícího v pozdním stadiu systémově celý organismus. Malá velikost genomu (1,14 Mb) tohoto patogenu koreluje s jeho obligátní závislostí na hostiteli. Jednotlivé kmeny a izoláty nelze od sebe běžně užívanými serologickými testy odlišit. Jisté typizace bylo dosaženo na úrovni detekce DNA, zejména sekvencí tpr genů. Naším cílem bylo sekvenovat genom Treponema pallidum subsp. pallidum SS14 a získanou kompletní genomovou sekvenci srovnat s genomovou sekvencí kmene Nichols a použít výsledky pro definování vnitrodruhové variability genomu T. pallidum subsp. pallidum.Výsledné sekvence ukázaly shluky SNP a krátké delece a inzerce. Celkem bylo v genomu kmene SS14 nalezeno 329 SNP, 7 delecí a 4 inzerce.

Související projekty

• Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
• Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací