Informace o publikaci
Komparativní genomika patogenních kmenů T. pallidum.
| Autoři | |
|---|---|
| Rok publikování | 2006 |
| Druh | Článek ve sborníku |
| Konference | X. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. |
| Fakulta / Pracoviště MU | |
| Citace | |
| Obor | Genetika a molekulární biologie |
| Klíčová slova | Comparative genomics; pathogenic strains of T. pallidum. |
| Popis | Byly porovnány čtyři genomy blízce příbuzných kmenů zahrnující T. pallidum subsp. pallidum Nichols, T. pallidum subsp. pallidum SS14 (ve dvou nezávislých izolacích), T. pallidum subsp. pertenue Samoan D a T. paraluiscuniculi Cuniculi A metodou DNA fingerprintingu. Genomy studovaných kmenů byly rozděleny do 97 překrývajících se intervalů; tyto intervaly byly amplifikovány a štěpeny restrikčními enzymy BamH I, EcoR I a Hind III. Jednotlivé restrikční profily byly použity k identifikaci heterologních oblastí. U kmene Cuniculi A byly kompletně deletovány geny TP0127, TP0128, TP0134 a TP0619; částečně deletovány geny TP0104 (ushA, 5-nukleotidáza), TP0129, TP0133, TP0135, TP0136, TP0315, TP0316 (tprF), TP0317 (tprG), TP0470, TP0545 (methylgalaktozid ABC-přenašeč), TP0548, TP0620 (tprI) a TP1029; dvě delece byly nalezeny v mezigenových oblastech TP0135-6 a TP0545-6. Kromě genů TP0104 a TP0545 se jedná o hypotetické geny s neznámou funkcí. Inzerce u kmene Cuniculi A byly zjištěny v genech TP0433, TP0434, TP0548 a TP1030 (hypotetické geny) a v mezigenových oblastech TP0009-10, TP0126-9, TP0135-6, TP0316-7 a TP0548-9. Mezi geny TP0009-10 byla vložena sekvence trpA/B genu (TP0009/11), mezi geny TP0126-9 byla vložena sekvence obsahující 2 ORF tprK genu (TP0897) a v místě TP0316-7 (tprF, tprG) byl detekován jeden ORF tprI genu (TP0620). U kmene Samoan D bylo nalezeno 7 delecí a 3 inzerce. Delece byly zjištěny v hypotetických genech TP0067, TP0133-TP0134, TP0136, TP0316 (tprF)-TP0317 (tprG), TP0470, TP1030-TP1031 (tprL) a v mezigenové oblasti TP0135-6. Mezi geny TP0126-7 byla vložena sekvence tprK genu (TP0897), další inzerce byly detekovány v genech TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0548-9. U kmene Nichols a SS14 byly zjištěny změny v repetitivní oblasti genu TP0470 (konzervovaný hypotetický protein), v repetitivní oblasti genů TP0433 a TP0434 (hypotetické geny) a v mezigenové oblasti TP0126-7, kde byla detekována sekvence podobná tprK genu (TP0897). U kmene SS14 byla navíc nalezena delece v mezigenové oblasti TP0135-6. Výsledky naznačují vysokou míru sekvenční homologie mezi vyšetřenými kmeny. Rozdíly v genomech byly soustředěny zejména do skupiny tpr genů a do skupiny hypotetických genů, které se nacházejí v blízkosti tpr genů. Identifikovaných nukleotidových záměn lze využít při molekulární identifikaci treponemálních kmenů. |
| Související projekty: |