Komparativní genomová sekvenace (CGS) kmenů rodu Treponema.

• Autoři: MATĚJKOVÁ Petra; STROUHAL Michal; ŠMAJS David
• Rok publikování: 2006
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Lékařská fakulta
• Popis: Treponema pallidum subsp. pallidum je obligátní lidský patogen a způsobuje onemocnění syfilis. Rod Treponema zahrnuje ještě další blízce příbuzné patogenní zástupce. Tyto druhy a poddruhy se liší mírou patogenity a invazivity pro člověka a nelze je morfologicky ani serologicky navzájem odlišit. Pro získání kompletní sekvence jednotlivých kmenů jsou zjištěné sekvenční změny kombinovány s výsledky WGF experimentů, zejména pro odhalení inzerovaných sekvencí do vyšetřovaného genomu. Metodou CGS jsme provedli srovnání kmenů SS14, Samoan D a Cuniculi A s kmenem Nichols. V genomu T. pallidum subsp. pallidum SS14 bylo v sekvenační fázi identifikováno 231 SNP. Klasické sekvenaci bylo podrobeno 20 úseků genomu. Celkem bylo nalezeno 320 SNP, 11 delecí a 15 inzercí (o délce 1-1255 bp). V genomu T. pallidum subsp. pertenue Samoan D bylo nalezeno 904 SNP. V genomu T. paraluiscuniculi Cuniculi A bylo identifikováno 5933 SNP.

Související projekty

• Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
• Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací
• Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. Pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů