cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations

• Název česky: cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací
• Autoři: PETERKOVÁ Martina; KOUTNÁ Irena; TESAŘOVÁ Lenka; POTĚŠILOVÁ Michaela; RUČKA Zdeněk; HRABČÁKOVÁ Viera; KLABUSAY Martin
• Rok publikování: 2008
• Druh: Konferenční abstrakty
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• Popis: Technologie cDNA microarray je hojně využívána v biologických a medicínských oborech pro stanovení genových expresních profilů. Tato technologie vyžaduje velké množství vstupní RNA. Bohužel, pokud pracujeme s malými subpopulacemi buněk, pak je problém se získáním dostatečného množství RNA. Právě proto je potřeba mít k dispozici optimalizovaný protokol pro izolaci a amplifikaci RNA. Cílem bylo najít nejvhodnější metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Nejprve jsme protokol testovali na buněčné linii HL60 a pak jsme ho aplikovali na hematopoetické buňky CD34+. Po zhodnocení různých metod jsme došli k závěru, že nejlepší kombinace je RNAqueous kit (Ambion, USA) pro izolaci RNA a SenseAmp Plus kit (Genisphere, USA) pro amplifikaci RNA. Při porovnání amplifikovaných a neamplifikovaných vzorků jsme vypočítali shodou 97.6. Tento protokol popisuje spolehlivou metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitovaného množství buněk.

Související projekty

• Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
• Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
• Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie