Microarray analysis using limited amount of cells

• Název česky: Microarray analýza u limitujícího množství buněk
• Autoři: PETERKOVÁ Martina; KOUTNÁ Irena; TESAŘOVÁ Lenka; POTĚŠILOVÁ Michaela; KOZUBEK Michal; HRABČÁKOVÁ Viera; KLABUSAY Martin; DOUBEK Michael; MAYER Jiří
• Rok publikování: 2009
• Druh: Článek v odborném periodiku
• Časopis / Zdroj: Folia Biologica (Praha)
• Fakulta / Pracoviště MU: Fakulta informatiky
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Klíčová slova: cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
• Popis: cDNA microarray technologie je hojně využívaná v různých biologických a medicínských oborech ke stanovování genových expresních profilů. Tato technika bohužel vyžaduje velké množství vstupní RNA. Je stále větší potřeba analyzovat malé buněčné subpopulace. Proto je nutné mít k dispozici podrobný protokol pro zpracování minimálního množství buněk. Optimální izolace RNA a následná přesná amplifikace jsou klíčovými kroky pro vytvoření úspěšného protokolu. Nejprve byla celá metodika testována na buněčné linii HL60 a pak aplikována na klinické vzorky CD34+ buněk z kostní dřeně. Cílem bylo navrhnout nejlepší metodu izolace a amplifikace RNA z malého množství buněk. Po vyhodnocení různých metod a kitů jsmme vybrali RNAqueous Kit (Ambion, USA) pro RNA izolaci a SenseAmp Plus Kit (Genisphere, USA)pro jednokolovou amplifikaci RNA. Tento článek popisuje reproducibilní metodu pro uskutečnění microarray experimentu z limitujícího množství buněk.

Související projekty

• Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii
• Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů
• Funkční a molekulární charakteristiky nádorových a normálních kmenových buněk - identifikace cílů pro nová terapeutika a terapeutické strategie