Informace o publikaci

"Anticipated" nucleosome positioning pattern in prokaryotes

Autoři

RAPOPORT Alexandra E. TRIFONOV Eduard

Rok publikování 2011
Druh Článek v odborném periodiku
Časopis / Zdroj Gene
Fakulta / Pracoviště MU

Středoevropský technologický institut

Citace
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.gene.2011.08.002
Obor Genetika a molekulární biologie
Klíčová slova Amphipathic alpha helices; Evolution of nucleosome positioning pattern; Hidden sequence patterns; Sequence periodicity; Shannon N-gram extension
Popis Linguistic (word count) analysis of prokaryotic genome sequences, by Shannon N-gram extension, reveals that the dominant hidden motifs in A+T rich genomes are T(A)(T)A and G(A)(T)C with uncertain number of repeating A and T. In this case the above patterns in prokaryotes may be considered as "anticipated" nucleosome positioning patterns which, quite likely, existed in prokaryotic genomes before the evolutionary separation between eukaryotes and prokaryotes.
Související projekty:

Používáte starou verzi internetového prohlížeče. Doporučujeme aktualizovat Váš prohlížeč na nejnovější verzi.

Další info