Informace o projektu
CHROMPLANT
- Kód projektu
- SIGA 792
- Období řešení
- 5/2010 - 12/2012
- Investor / Programový rámec / typ projektu
-
Jihomoravský kraj
- SoMoPro
- Granty pro zahraniční vědce
- Fakulta / Pracoviště MU
-
Přírodovědecká fakulta
- prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
- prof. Ing. Eduard Nikolajevič Trifonov, Ph.D.
Současný rozvoj velkokapacitního sekvenování a sekvenčních analýz umožňují stále detailnější studium chromatinu. Konkrétně, první počítačový program, který umožňuje na sekvencích DNA mapovat nukleozomy s rozlišením jedné báze, byl vyvinut v Genome Diversity Center, Haifa University. To otvírá jedinečnou možnost studovat trojrozměrnou strukturu a funkci chromatinu. Znalost přesných poloh nukleozomů na sekvenci skutečně umožňuje vypočítat délky linkerů mezi nimi, jejich vzájemnou orientaci, a tudíž lokální architekturu chromatinu. To je zvlášť důležité u chromatinu obsahujícího promotory, telomery, centromery, počátky replikace atd. Tento projekt je specificky zaměřen na studium rostlinného chromatinu. Nejprve bude kvůli počítačovému vytvoření matrice ohebnosti rostlinné DNA sestavena rozsáhlá databáze experimentálně zjištěných sekvencí nukleozomů v laboratoři Jiřího Fajkuse (Masarykova Univerzita), s nímž máme dlouholetou vědeckou spolupráci. Následně bude vyvinuta procedura mapování nukleozomů, podobná programu používanému v současnosti, která bude k dispozici přes veřejně dostupný server. Prostorová rekonstrukce zkoumaných chromatinových úseků na základě přesných nukleozomových map bude provedena původním programem vyvíjeným v Genome Diversity Center. Standardní architektonické prvky rostlinného chromatinu budou poprvé odhaleny s vysokým rozlišením srovnatelným s rentgenovou krystalografií. Sekvenčně determinovaná rekonstrukce prostorové struktury chromatinu bude však možná pro každý úsek přirozeného chromatinu, což nelze provést pomocí krystalografie. Znalost architektury chromatinu promotorů umožní zdůvodnit interakce promotorů s transkripčními faktory, zjistit jejich prostorové rozložení v okolí promotorů a detaily regulace genové exprese. Hostujícím vědcem, který bude projekt realizovat je prof. Edward N. Trifonov.
Publikace
Počet publikací: 10
2012
-
Apoptotic cleavage of DNA in human lymphocyte chromatin shows high sequence specificity
J. Biomol. Struct. Dynamics, rok: 2012, ročník: 30, vydání: 2, DOI
-
Author Response Definition of Life: Navigation through Uncertainties
J. Biomol. Struct. Dynamics, rok: 2012, ročník: 29, vydání: 4
-
Multiple levels of meaning in DNA sequences, and one more
Ann NY Acad Sci, rok: 2012, ročník: 1267, vydání: September, DOI
-
Origin and evolution of genes and genomes. Crucial role of triplet expansions
J. Biomol. Struct. Dynamics 12, rok: 2012, ročník: 30, vydání: 2, DOI
2011
-
"Anticipated" nucleosome positioning pattern in prokaryotes
Gene, rok: 2011, ročník: 488, vydání: 1-2, DOI
-
Cracking the chromatin code: Precise rule of nucleosome positioning
PHYSICS OF LIFE REVIEWS, rok: 2011, ročník: 8, vydání: 1, DOI
-
High resolution positioning of intron ends on the nucleosomes
Gene, rok: 2011, ročník: 489, vydání: 1, DOI
-
Human nucleosomes: special role of CG dinucleotides and Alu-nucleosomes
BMC Genomics, rok: 2011, ročník: 2011, vydání: 12, DOI
-
Nucleosome DNA sequence structure of isochores
BMC Genomics, rok: 2011, ročník: 12, vydání: 203, DOI
-
Nucleosome Positioning Patterns Derived from Human Apoptotic Nucleosomes
Journal of Biomolecular Structure & Dynamics, rok: 2011, ročník: 29, vydání: 3